草甘膦废水处理本质上属于高浓有机废水，可以通过传统的焚烧、催化氧化、催化氧化+生化的方法进行减量化、无害化的处理。
然而由于草甘膦母液复杂的水质特征，如可生化*差、盐分高和水质波动大等，在处理的同时往往会付出高昂的处置成本。
利用焚烧、催化氧化、生化处理等处理工艺虽然可以有效地处理草甘膦母液废水，但却很大程度地浪费草甘膦母液废水所含的大量可回收利用资源(废水中含无机盐15％—20％、草甘膦0.5%—1.5％)，而且还会不可避免的生成一些二次污染物，更增加了草甘膦母液废水处理负担。
二、草甘膦废水处理方法
为了实现草甘膦母液废水中无机盐、草甘膦等有效成分的回收，不少研究学者及草甘膦生产企业开发了很多新型处理方法：压力驱动膜分离法、沉淀法、吸附法等方法，其中吸附和膜分离法以其高效的分离效果而成为目前草甘膦母液废水应用较广的处理方法：
1.膜浓缩法
膜浓缩分离利用渗透*将不同分子大小的物质进行分离，可以有效起到浓缩和提纯的目的。其中对于甘氨酸法草甘膦母液，通过膜法可将无机氯化钠和大部分水从母液中分离出来，浓液中氯化钠含量降低至1%,并有效提高浓缩倍率。分离出的淡液需经过蒸发浓缩和除盐等处理；对于IDA法草甘膦母液，因原水副产物较少，可将淡液循环用于合成工艺，且膜处理后浓液盐含量较低，可增大用于配置30%水剂的母液利用率。
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